Il fondo MS costituisce la parte più ampia del patrimonio manoscritto della Biblioteca, raccogliendo un gran numero di codici diversi tra loro per lingua, datazione e argomento: si intende precisare che il criterio alla base della sua realizzazione è quello di riunire tutti i manoscritti compilati in caratteri latini, accogliendo di fatto una varietà di lingue ben più ampia di quelle che caratterizzano gli altri fondi. Notevole è anche l’arco di tempo che i codici coprono, includendo alcuni esemplari medioevali (il più antico databile al XIII secolo), mentre la maggior parte dei volumi è databile ai secoli XVIII – XIX. Dal punto di vista tematico essi includono opere di teologia e filosofia, alcuni diari di viaggio di pellegrini in Terra Santa, ricettari medici e culinari e una parte di codici liturgici, i quali sono inseriti qui e non nel fondo COR a motivo delle ridotte dimensioni. Si è deciso di adoperare la segnatura MS per rispondere anzitutto a un criterio di continuità, essendo già presente in biblioteca un fondo di manoscritti in caratteri latini segnati in questo modo, al quale sono stati aggiunti tutti gli esemplari reperiti in tempi recenti. In secondo luogo si è voluto con questa scelta eliminare la possibilità di confusione con alcune vecchie segnature LAT, le quali compaiono in alcuni contributi di studiosi a proposito di codici presenti nell’inventario ma che non hanno riscontro in nessun fondo oggi esistente, né in alcun catalogo: qualora si sia riusciti a identificare la precedente segnatura con cui i codici sono stati nominati in articoli o monografie, si è provveduto ad annotarla nella scheda del manoscritto corrispondente. I codici da MS. 136 a MS. 265 (con l’eccezione di MS. 250 che è di diversa origine) provengono dall’Archivio Custodiale, dove sono stati conservati fino ad inizio 2014. Nello specifico, i codici da MS. 244 a MS. 249 costituiscono un modesto fondo di manoscritti liturgici di piccole dimensioni, noti agli studiosi con precedenti segnature che sono state riportate nella scheda di ogni singolo manoscritto accanto a quella nuova.